Музеј Српске цркве поседује две збирке рукописних и штампаних богослужбених књига: прву чини фонд Црквеног музеја, а друга збирка је из Оставине Радослава Грујића - такође у саставу Музеја. Музеј, дакле, располаже са преко 700 рукописа богослужбено-богословских књига од XIII до краја XVIII века.

Међу најраније рукописне текстове убраја се двадесет пергаментних листова Апракосног Јеванђеља из средине XIII века. Нешто доцније, крајем последње четвртине XIII века, настало је Четворојеванђеље које су преписала, за јеромонаха Василија, два писара од којих се један звао Герасима.

Беседе Исака Сирина је рукопис с краја XIV века. Илуминација рукописа доста подсећа на персијске декоративне мотиве (соба IV, витрина 22). Из XV века је Крушедолска Палеја са Зонарином Хроником и Синтагма Матије Властара коју је 1453. године преписао ђакон Дамјан по налогу зетског епископа кир Јосифа. Лествицу Јована Лествичника преписао је 1434. године у Браничеву извесни Давид, за време српског деспота Ђурђа Бранковића Смедеревца и браничевског митрополита Саватија (соба IV, витрина 22). За Ђурђевог сина, деспота Лазара, доместик Стефан преписао је, између 1456. и 1458. године, Житије и Слово Јована Златоуста. По богатству заставица, илуминације и осталих ликовних украса издвајају се два Четворојеванђеља из XVI века: једно је преписао поп Јован из Кратова 1580. године, а друго 1579. године инок Никанор у манастиру Ремети, за време игумана Зосима (соба I, витрина 20).

Стара српска штампана књига скоро да је сва заступљена у фонду Музеја Српске православне цркве, иако је само неколико примерака изложено у сталној поставци. Међу најстарије штампане књиге, поред цетињског Октоиха, спада и Псалтир с последовањем штампан на Цетињу 1494. године, у штампарији Ђурђа Црнојевића, затим Псалтир с последовањем из штампарије Божидара Горажданина, кога је 1521. године штампао јеромонах Теодор Љубавић. Грачанички Октоих штампан је 1539. године "повеленијем митрополита Никанора", а штампар је био раб Димитрије. Београдско Четворојеванђеље штампано је 1552. године у штампарији Тројана Гундулића. Штампар је био јеромонах Мардарије. То је прва штампана књига у Београду (соба III, витрина 21).

Сачуване су и многобројне богослужбене књиге штампане у Млецима, Москви, Римнику и Бечу. Посебну вредност представљају књиге штампане у XVIII веку, међу којима се издваја Стематографија Христофора Жефаровића из 1741. године и Калиграфија Захарија Орфелина издата 1759. године у Сремским Карловцима.

Један део овог фонда чини и велики број грчких, руских, влашких рукописних и штампаних књига. Руско штампано Четворојеванђеље из 1751. године издваја се због својих димензија 50 х 71 cm, и тешко је 21 килограм.

Смирени преписивачи и педантни штампари, као и настојатељи манастира где су вековима чуване старе рукописне и штампане књиге, исписивали су на последњим страницама аманете (завете) и изрицали проклетства свима који узму књигу или неки други црквени предмет из манастира, без знања игумана и братства. Незнани "љубитељ старина" оглушио се о завет својих предака и из Јеванђеља насталог средином XVI века исекао минијатуре заглавља у сва четири јеванђеља.