Иконописачка дела у Музеју Српске православне цркве у Београду убрајају се у значајну збирку српских сликарских остварења од XV до XIX века. Међу најранија сликарска дела која се чувају у Црквеном музеју убраја се икона на којој је представљен Исус Христос Сведржитељ, српски рад из XV века. Монументално попрсје Христа Сведржитеља приказано је на јарко црвеној позадини и уоквирено богатим флоралним преплетом. У левом углу исписан је заветни текст. Неке стилске одлике ове иконе, као и колорит, доста подсећају на српско фрескосликарство југа Србије. (соба IV, витрина 1).

Икона са представом Рођења Богородице, настала је коју деценију доцније, а такође је дело непознатог српског зографа. На овој икони, поред раскошних одора и златног посуђа, у доњем левом углу приказан је и један народни мотив: представљена је девојка са преслицом како седи покрај рођене Богомајке. (соба I, витрина 8).

Времену XVI, или самом почетку XVII века припада и икона на којој је приказана Богородица са Христом окружена старозаветним пророцима, која је некада припадала манастиру Крушедолу. Стилске одлике, као и сликарска вештина, сврставају ову икону у групу оних иконописачких радова који се могу сматрати последњим, али успелим, византијским сликарским наслеђем у време турске владавине нашим крајевима. (соба IV, витрина 11).

Значајну целину у Музеју чине и иконе критских зографа с краја XV, затим из XVI и XVII века, и то: Христос Пантократор (Сведржитељ), (соба V, витрина 9), Богородица Елеуса (Милостива), (соба III, витрина 7), Васкрсење Христово (Силазак у ад), (соба IV, витрина 10) и дела су која сведоче о старом сликарству, али и која поступно наговештавају нова сликарска виђења. Најбољи пример тог поступног преласка ка новом, такозваном итало-критском сликарству, показује икона на којој су приказани Богородица са Христом , светим Јованом као дечаком и светитељем Николом, која је настала крајем XVI века.

Икона на којој је представљен свети Јован Претеча (типа кефалофорос - главоносни) дело је Андреје Раичевића из 1645. године и рађено је за београдско-сремског митрополита Хаџи Илариона (соба IV, витрина 11). Стваралаштву Раичевића, више временски него стилски, припада и икона српских деспота из породице Бранковића на којој су приказани владика Максим, мајка Ангелина и деспоти Јован и Стефан (соба III, витрина 14). У Музеју Српске цркве налази се шест икона са представом Свете куће Бранковића, а међу њима је и икона коју је 1753. године израдио сликар Никола Нешковић. Црквени музеј поседује и неколико икона које је радио зограф Остоја Мркојевић, чије стваралаштво припада самом крају XVII века. Једна од најбољих икона овог зографа је икона на којој је приказано Вазнесење пророка Илије у огњеним колима на небо (према II књизи о царевима, 2:11). Он је аутор и икона: Свети Стефан архиђакон и иконе у поставци Праведни Лазар са сестрама Мартом и Маријом (соба II, витрина 3). Од иконографа Козме Дамјановића , који је стварао на самом почетку XVIII века, сачуване су три иконе, све са представом Свете Тројице - по ликовном казивању представа блиска индуском Тримуртију. (соба II витрина 3).

Из средине XVIII века сачувано је неколико икона поп-Станоја Поповића (свештеника у Мартинцима), зографа, чије сликарство наговештава барокна стремљења у црквеном сликарству на подручју Карловачке митрополије. У Музеју постоји велики број икона из друге половине XVIII века чији су аутори: Никола Нешковић, Димитрије Бачевић, Стефан Тенецки, Григорије Давидовић Опшић, Теодор Димитријевић Крачун, Теодор Чешљар, али исто тако има много икона (на дрвету и платну) непознатих сликара. Посебну целину чини збирка целивајућих икона, рад Теодора Димитријевића Крачуна темпером на металу (соба I, витрина 17 и соба IV витрина 19).

Иконосликарство XIX века означили су својим делима Григорије Чалмански, Христифор и Живко Петровић, Алекса Свиленгаћин, Илија Димитријевић, Георгије Бакаловић, Шпиро Боцарић и други, чије се иконе чувају у Црквеном музеју. По хронологији, на ова дела надовезују се иконосликарска остварења Арсе Теодоровића, Паје Јовановића, Уроша Предића, па све до дела, иначе смелих иконописачких подухвата, Бете Вукановић, Мила Милуновића и Јована Бијелића, насталих првих деценија овога века.

Засебну целину представљају иконе руских зографа, углавном из друге половине XVIII века. Међу педесетак руских икона посебно се издваја Богородица Тихвинска, сва у окову, украшена драгим камењем, настала у другој половини XVIII века. Из истог времена је и икона на којој је приказан Свети Јован Претеча - попрсје, која својом ликовном изражајношћу и пригушеним колоритом показује неку унутрашњу снагу и подсећа на ранија иконосликарска остварења руских зографа (соба V, витрина 16). Икона Полагање часног крста, дар монахиње Сосане 1750. године, значајна је због неких фолклорних детаља - народне ношње (соба I, витрина 8). Календарска икона на којој су приказани сви свети за сваки дан од месеца марта, до септембра, ретка је иконографска представа у црквеном сликарству XVIII века (соба V, витрина 16). Овом времену припада и икона на којој је приказан свети Јован Крститељ са два српска светитеља - светим Савом и светим Арсенијем - рад непознатог руског зографа. Међу руским иконографским делима посебно се издвајају две велике композиције на платну - на једном је Успеније Богородице, а на другом Полагање Христа у гроб из 1750. године, рад Јова Василијевића, или његових ученика.

У Музеју Српске православне цркве налази се известан број икона грчког порекла које су се некада налазиле у капели Светога Саве у Цариграду, а припадају периоду XVIII-XIX века. По својим ликовним одликама издвајају се две иконе: Свети Георгије и Свети Димитрије, обе с почетка XVIII века.

Посебан иконографски тип представљају иконе са представом Богородице Есфигмени, чији се ликовни садржај везује за догађај који се одиграо у светогорском манастиру Есфигмену. По неким стилским одликама, овим иконама блиски су и неки радови такозване бококоторске школе. Из ове стилске групације посебно се издваја икона на којој је насликана Богородица са Христом и светим Луком, рад с почетка XVII века.

Посебно место у поставци Црквеног музеја заузима монументални крст на коме је приказано Христово распеће, а у подножју Богородица и свети Јован Богослов. Овај крст, који припада крају XVII века, до почетка Другог светског рата чинио је завршни део иконостаса у цркви манастира Велика Ремета (соба III).

Царске двери (средишна олтарска врата), са богатом резбаријом, припадале су манастиру Јаску а настале су у првој половини XVII века. (соба IV, витрина 1).