Захумско-херцеговачку епархију основао је свети Сава 1219. године приликом прве организације аутокефалне Српске архиепископије. Хумска епархија, како се у почетку звала, имала је седиште при цркви Пресвете Богородице у Стону. Први хумски епископ био је Иларион, а од његових наследника познати су Сава II (син Стефана Првовенчаног, чије је световно име било Предислав) до 1264. године, Јевстатије (око 1300. године), Јован (око 1305. године) и Данило (1316–1324), потоњи архиепископ. У његово време је босански бан, искористивши сукоб око престола између Стефана Дечанског и Константина, заузео Хум, те је Данило избегао и основао седиште Епархије у манастиру Светог Петра (највероватније онај на Лиму, задужбини Немањиног брата Мирослава). Данилов наследник био је епископ Стефан.

Ушавши у састав босанске државе, у време краља Твртка I, манастир Милешева постаје седиште епископа за Хум и Босну. Од XV века, када је Степан Вукчић Косача добио назив „херцега од Светог Саве“, а Хум име Херцеговина, и ова је Епархија названа херцеговачком. Пре пада Херцеговине под Турке, знамо за два хумска (милешевска) епископа. Први је онај што је 1377. године крунисао Твртка I у Милешеви, а други је Давид који се помиње 1466. и 1471. године.

После пада Херцеговине, седиште Епархије се померало, те се коначно усталило у манастиру Тврдошу, код Требиња. Из тога времена познати су ови захумско-херцеговачки епископи: Јован (1508–1513) и Висарион – обновитељи манастира Тврдоша (1508); затим, Марко (1524), Максим (1532), Никанор (1546), Антоније (1570), Саватије (1573–1585), Висарион (1592), Силвестар (1602) и Леонтије (1605–1611).

Прилике које су ускоро уследиле учиниле су да се ова Епархија подели на два дела: на Требињску епархију и на Милешевску, која се чешће звала Полхерцеговачком или Петровском, по манастиру Светог Петра на Лиму где јој је, и под Турцима, неко време било седиште. Кад су у другој половини XVII века Турци претворили Петров манастир у џамију, седиште ове Епархије померало се према Тари и преко ње у Никшић, стари Оногошт.

Немирна прошлост овог подручја утицала је на мењање граница ових епархија, које су се у XVIII веку, после Београдског мира (1739) сјединиле. Из овог времена познати су херцеговачки или требињски архијереји: Симеон (1615–1630), Свети Василије Острошки (1639–1649) и Арсеније (1654). После њега, Требињском епархијом управља Свети Василије, који је 1649. године премештен у Петровску, или Милешевску епархију. И касније су поједини епископи ових двеју епархија управљали обема епархијама.

Од захумских (милешевских, полхерцеговачких, петровских) епископа тога времена, познати су: Лонгин (1615–1643), Максим, Пајсије (Турци су га убили око 1650. године и Петров манастир спалили), Свети Василије (1651–1671), Симеон Љубибратић (1671–1681), Саватије, Герасим, Симеон Зотовић, Мелентије, Арсеније и Аксентије I.

После сједињења, знамо имена ових херцеговачких епископа: Филотеј (1741–1741) и Аксентије II (1751–1760). Разарањем манастира Тврдоша, епископско седиште се премешта у манастир Дужи. Укидањем Пећке патријаршије (1766), кад је и ова Епархија дошла под власт Цариградске патријаршије, трон епархије пренесен је у Мостар. Епархијом су од тада управљали епископи – Грци: Антим (1766–1772), Ананије (1772–1802), Јеремија (1803–1815), Јосиф (1816–1835), Прокопије (1838–1848), поново Јосиф (1848–1854), Григорије (1855–1860), Прокопије (1864–1875) и Игњатије (1875–1888).

Аустријском окупацијом Босне и Херцеговине (1878), и ова Епархија улази, на основу конвенције аустријске државе и Цариградске патријаршије (1880), у састав аутономне Српске цркве у Босни и Херцеговини. У састав Епархије тада су улазили срезови: Мостар, Љубушки, Столац, Љубиње, Требиње, Билећа, Гацко, Невесиње, Коњиц, Фоча, Чајниче и Жупањац. Срезови Пљевља и Пријепоље, пошто су остали под Турском, нису потпали под управу Епархије, већ су припојени Рашко-призренском владичанству. Пензионисањем епископа Игњатија Грка (1888), кога је народ поштовао, на чело Епархије долазе и епископи Срби: Леонтије Радуловић (1888), Серафим Перовић (1889–1903) и Петар Зимоњић (1903–1920).

Уједињењем Српске цркве (1920) и доношењем црквеног устава (1931), Епархија је обухватила: мостарски, билећки, гатачки, невесињски, столачки и требињски срез, градове Матковић и Дубровник и острво Корчулу; фочански и чајнички срез припали су Дабробосанској епархији. Од уједињења цркве, епископи захумско-херцеговачки били су: Јован Илић (1926–1931), Симеон Станковић (1932–1934), Тихон Радовановић (1934–1939), Николај Јовановић (1940–1943), Лонгин Томић (1951–1955) и Владислав Митровић (1955–1991). На Светом архијерејском сабору 1992. године, за епископа захумско-херцеговачког изабран је др Атанасије (Јевтић).

Током Другог светског рата 1941–1945, на подручју Захумско-хецеговачке епархије једна црква је срушена до темеља, а 18 их је оштећено. Пет парохијских домова је срушено, а четири су оштећена. Уништено је 12 библиотека и 21 црквена архива.

У рату (1991–1995), Захумско-херцеговачка епархија је једна од епархија које су највише страдале. Порушене су 36 цркве, а знатно је оштећено 28. Манастир Житомислић је срушен, а манастир Завала је веома оштећен. Порушено је 12 парохијских домова, а два су оштећена. Епархијска резиденција у Мостару и Владичанска кућа у Дубровнику такође су срушене.

У Мостару, где је седиште Захумско-херцеговачке епархије, уништено је све што припада Српској православној цркви. Саборни храм Свете Тројице, подигнут 1873. године, био је један од највећих храмова у Српској цркви. Током 7. и 8. јуна 1992. године, гранатиран је, а 15. јуна (другог дана Свете Тројице) срушени су торњеви и црква је запаљена. Недуго потом, сагорели зидови су минирани и ово монументално здање претворено је у гомилу камења.

Стара црква Рођења Пресвете Богородице из XVI века на мостарском српском гробљу такође је порушена. Епископски двор из XIX века је миниран. Иста судбина задесила је и историјски и мученички манастир Житомислић, који је страдао, како у прошлом, тако и у овом рату.

И после Дејтонског споразума (1995), атакује се на светиње ове Епархије. Септембра 1996. године, бачена је бомба на Саборни храм у Дубровнику; и даље се скрнаве и руше српске цркве под контролом хрватских власти.

Мостар

Саборна црква Свете Тројице – подигнута 1863–1873. године. Гађана гранатама 7. и 8. јуна 1992. године од стране хрватске војске, а другог дана храмовне славе (15. јун 1992) срушен торањ и црква запаљена. Потом хрватска војска преостале делове цркве минирала и сравнила са земљом. Минирани темељи, а камење порушене цркве изнето.

Црква Рођења Пресвете Богородице из XVI века. Обновљена 1832. године. Срушена до темеља 1993. године од стране хрватске војске.

Епархијски двор – подигнут у првој половини XIX века, са капелом Свете Марије Магдалене из 1861. године. Све срушено, минирано 1992. године од стране Хрвата.

Старо парохијско здање (дом) порушила хрватска војска 1992. године.

Стара ризница је била смештена испод старе цркве Рођења Пресвете Богородице. Порушена 1992. од стране Хрвата.

Бијела (Парохија коњичка)

Бијело Поље (изнад Мостара)

Црква Вазнесења Господњег – подигнута 1865. године. Током друге половине 1992. гранатиран олтар, унутра спаљена, све изгорело. Бакарни кров и греде однете. Звоник уништен, звона однета. На звонику муслимански војска имала митраљеско гнездо, а доњи део звоника претворен у бункер исте војске. Парохијски дом срушен – спаљен 1992. године. Светосавски дом срушен – спаљен 1992. године.

Благај (код Мостара)

Црква Светог Василија Острошког – подигнута 1892. године. Током Другог светског рата (1941–1945) иконостас оштећен, а богослужбени предмети, црквене књиге и архива уништени. Црква гранатирана и запаљена, све уништено, остали само зидови (1991–1995). Парохијски дом спаљен, остале само рушевине (1991–1995).

Блаце

Црквица-капела срушена 1993. године.

Богодол

Црква Светих апостола Петра и Павла – подигнута 1934. године. Почетком рата 1991/92. оштећена, а потом и срушена.

Брадина (изнад Коњица)

Црква Вазнесења Господњег – подигнута 1889. године, обновљена 1938. Иста срушена 1992. године.

Црквица-новија капела срушена. Порушене и српске куће (1991–1995).

Брђани (Коњичка парохија)

Црквица-капела срушена. Порушене и српске куће (1991–1995).

Величани (Попово Поље)

Црква Светих Архангела. У Другом светском рату (1941–1945) страдала од Хрвата. Оштећена 1991–1993. гранатама и гелерима, посебно фасада, прозори и кров. Гробље око цркве такође оштећено гранатама током 1991–1993. године.

Капела Светих српских Новомученика – спомен–костурница подигнута уочи рата (1990). Оштећена гелерима граната испаљених од стране хрватске војске током 1991–1993. године.

Главска (код Требиња – Требињска површ)

Црква Светог архиђакона Стефана – подигнута у XVIII веку на српском гробљу између Горње и Доње Главске. Запаљена, скинута звона; на фасади парола: „Овде влада усташки режим“; „Павелић“; „нацисти“; „К.К.К.“; „HDZ-SDA“; нацртани „U“ и полумесец. На вратима: „Забрањен улаз Србима и псима“.

Горње Храсно

Црква Светог Јована Крститеља – подигнута 1849. године. У Другом светском рату (1941–1945) богослужбени предмети, матичне и богослужбене књиге уништени. Цркву уништили Хрвати 1992. године, а звоно цркве однето. Село Храсно порушено, а споменик српским жртвама пострадалим 1941. године такође уништен од стране Хрвата.

Горњи Поплат

Црква Светог архангела Михаила – подигнута 1867. године. У Другом светском рату спаљена. Обновљена 1967. Црква опљачкана и демолирана. Током 1991–1993. године коришћена као бункер и утврђење хрватске војске.

Добрич (код Лиштице)

Црква Свете великомученице Недеље – подигнута 1975–1977. године. Фасада оштећена пушчаним зрнима, а прозори полупани током 1992. године

Доње Село (Парохија коњичка)

Капела порушена (1991–1995).

Дубровник

Црква Благовештења Пресвете Богородице – подигнута 1877. Оштећена 3. априла 1992. године: кров погођен трима минобацачким гранатама. Прочеље цркве каменовано у два наврата: 7. и 24. децембра 1992. године. Петог септембра 1996. од експлозије кашикаре пред вратима цркве оштећена улазна врата и делимично фасада цркве.

Црква Светог архангела Михаила (на гробљу Бонино) – подигнута 1837. године. Главна врата у порти минирана 27. априла 1992. године.

Црква (капела) Светог Георгија на Посату, подигнута 1803. године. Око цркве гробље. Уочи рата (1991) започета обнова. Кров и фасада оштећени гелерима (1992) (Извештај од 18. 2. 1997).

Парохијски дом, у којем је смештена и вредна Ризница ове Парохије, са изузетно значајном збирком икона, оштећена гранатама 1991–1992. године.

Црквена кућа (Владичански конак). Старо здање преко пута Саборне цркве спаљено током 1991–1992. године, остали само зидови.

Дувно

Црква Светог Николе из 1864. године. У прошлом рату уништени од усташа, богослужбени предмети, црквене и матичне књиге, као и архива. Храм проваљен и демолиран (Извештај од 30. јуна 1997. године).

Запланик (код Требиња)

Црква Ваведења Пресвете Богородице. На старим темељима црква обновљена 1864. године. Спаљена, потом део миниран од стране хрватске војске (1991–1995), којој овај храм служи као тоалет.

Зачула

Црква Светог пророка Јеремије (Свете Параскеве). На старим темељима у новије време црква обновљена. Срушена до темеља од стране хрватске војске 1992. године.

Зукићи (Парохија коњичка)

Капела срушена, а српско село уништено 1992. године.

Идбар (Парохија коњичка)

Капела оштећена 1992 године.

Клепци

Црква Преображења Господњег из 1857. године. У прошлом рату (1941) иконостас спаљен, богослужбени предмети, црквене и матичне књиге и архива уништени, а црква разорена. После Другог светског рата обновљена. Срушена до темеља од стране хрватске војске 1992. године. Покрај магистралног пута у Клепцима порушен и споменик српским жртвама из Првог и Другог светског рата.

Коњиц

Црква Светог Василија Великог из 1886. године. Јуна месеца 1992. оштећен звоник, а остатак цркве претворен у јавни тоалет! Према извештају (ЕЦММ, ¤ 1/94,49), црква оштећена, оскрнављена, иконе украдене, иконостас оштећен, богослужбени предмети и црквене књиге запаљени пред вратима цркве. Црквена кућа запаљена и срушена 1992. године. Капела на гробљу, као и гробље, оштећени.

Кремена (код Опузена)

Црква Светог Спиридона – на старијим темељима подигнута 1851. године нова. Оштећена јуна 1992. године, а потом и спаљена. Српско гробље оштећено 1992. године.

Локве (Парохија житомислићка)

Новоподигнута капела уништена (1991–1995).

Љубушки

Црква Светог архангела Михаила, подигнута 1862. године. У Другом светском рату (1941–1945) демолирана од стране Хрвата. Спаљена, минирана и уништена до темеља (1991–1992).

Манастир Житомислић

Црква Благовести Пресвете Богородице – обновљена 1563. године на темељима старе цркве, чији су ктитори Петар, Јован и Милисав Храбрен Милорадовић. Храм живописан фрескама 1609. године. У четвртак 26. јуна 1941. године, хрватске усташе су мучки уморили манастирско братство, а потом их бацили у јаму Видоња. Извесни римокатолички фратар Грга одвезао је све црквено-уметничке драгоцености некада богате манастирске ризнице. Убрзо потом, манастирска црква демолирана од стране хрватске и немачке војске, а манастирски конаци спаљени. Нови манастирски конаци подигнути 1963. године. Земни остаци житомислићких мученика извађени крајем 1990. године из јаме Видоња и сахрањени 3. фебруара 1991. године, уз служење патријарха српског Павла, у мермерну гробницу изнад олтара цркве манастира Житомислића. Манастир спаљен, а потом срушен (миниран) од стране Хрвата половином јуна 1992. године. Порушени манастир Житомислић обишао 11. децембра 1993. године надлежни епископ др Атанасије и затекао манастир потпуно сравњен са земљом. Манастирски конаци срушени (минирани) половином јуна 1992. године од стране Хрвата. Гробница житомислићких мученика у порти манастира такође минирана половином јуна 1992. године од стране Хрвата.

Манастир Завала

Црква Ваведења Пресвете Богородице – подигнута 1514, а фреске урађене 1619. године. Манастир оскрнављен и демолиран од стране хрватске војске. Црква демолирана од стране хрватске војске (1991–1995). Конаци веома оштећени. Манастирска капела уништена (1991–1995).

Метковић

Црква Светог великомученика Георгија – саграђена 1849. на темељима старије цркве. Зидно сликарство рад академског сликара Марка Илића и Драгана Марунића. Иконостас сликао др Војислав Билбија. Током Другог светског рата (1941–1945) богослужбени предмети, црквене и матичне књиге и архива уништени. Цркву запалила, а потом порушила (минирала), хрватска војска 31. маја 1992. године. Гробље око цркве приликом минирања цркве 1992. године знатно оштећено.

Опличићи (код Стоца)

Црква Покрова Пресвете Богородице – подигнута на старијим темељима 1872. године. Црква срушена до темеља (1992–1995) (Извештај од 30. јуна 1997. године). Парохијски дом порушен (1992–1995) (Извештај од 30. јуна 1997. године). Светосавски дом порушен (1992–1995) (Извештај од 30. јуна 1997. године).

Опузен

Црква Успења Пресвете Богородице – подигнута 1714. године. Према извештајима запаљена од стране Хрвата (1991–1995).

Орашје (Попово Поље)

Црква Светог Јована Крститеља. Гранатирана (1991–1993).

Орашје (Требињска Шума)

Црква Рођења Пресвете Богородице (Вазнесења Господњег). Знатно оштећена гранатама хрватска војске (1991–1995).

Острожац (Парохија коњичка)

Капела оштећена (1991–1995).

Ошанићи (код Стоца)

Црква Светих апостола Петра и Павла – задужбина Радослава Храбрена Милорадовића из 1480. године. Црква демолирана. Свети престо срушен и копано по олтару и солеји. Дрвени полијелеј, рад дебарских резбара, сав покидан. Иконостас порушен и без икона. Свете двери, од велике уметничке вредности, однете. Камени звоник изнад улаза у храм порушен, оба звона однета (1993–1995) (Извештај од 30. јуна 1997. године). Старо гробље око цркве рушено (1992–1995) (Извештај од 30. јуна 1997. године).

Подосоје (висораван Бобани)

Црква новијег датума. Према извештају од 22. јануара 1993. године, оштећена, а потом и срушена.

Пољице (Попово Поље)

Мала црква Светог Николе из XIX века. Оштећена гранатама од стране хрватске војске (1991–1993).

Црквица Светог Јована Крститеља из XIX века. Оштећена гранатама од стране хрватске војске (1991–1993).

Пребиловци

Спомен–капела српским новомученицима, мучки пострадалим од хрватских усташа у Другом светском рату (1941–1945) – подигнута 1990. (још недовршена), а освећена 1991. године када су земни остаци сахрањени у крипту капеле. Током 1992. године хрватска војска гранатирала Спомен–капелу, а потом и минирала. Кости пребиловачких и других српских новомученика – током 1991. године извађене из јама Шурманци, Бивоље Брдо и других вртача – запаљене. Оближње гробље у Пребиловцима преорано булдожерима од стране Хрвата 1992. године. Сеоска капела као и цело село, порушено 1992. године од стране Хрвата.

Просјек (висораван Бобани)

Црква Воздвижења Часног Крста. Према непровереној информацији, оштећена од стране хрватске војске (1991–1993).

Равно

Црква Свете Педесетнице из 1900. године. Знатно оштећена, опљачкана и оскрнављена (1991–1995).

Рапти

Црква Воздвижења Часног Крста. Знатно оштећена 1992. године. Гробље у Раптима оштећено 1992. године.

Рашка Гора

Црква Светог великомученика Пантелејмона. Порушена (1991–1995).

Рашћани (код Дувна)

Црква Ваведења Пресвете Богородице – подигнута 1891. године. Опљачкана, а потом и спаљена од стране хрватске војске (1991–1995).

Речице (Парохија чапљинска)

Црквица на гробљу срушена, а село уништено од стране Хрвата (1991–1995).

Ситник (на гробљу)

Новоподигнута црква (из 1973) срушена од Хрвата (1991–1995).

Сливница (код Требиња)

Црква Светог Климента – подигнута у XIX веку. Гранатирана од стране Хрвата (1991–1993).

Столац

Црква Вазнесења Господњег – на старом манастиришту 1870. године подигнут нови храм. Цркву обишао 16. децембра 1993. године надлежни епископ др Атанасије. У извештају рекао: „Црква као грађевина стоји у целини, али је изнутра спаљена… Свети престо и проскомидија, од камена, разбијени су у парчиће и то са посебним бесом. Кажу нам Хрвати да су то урадили муслимани, и да су они копали у цркви, и око цркве, тражећи злато. Црни дим из раније запаљене цркве избијао је кроз прозоре и отворе звоника, тако да црква изгледа сабласно.“

Требиње

Црква Преображења Господњег из 1908. године. Оштећена гелерима граната током 1991–1993.

Тријебањ

Црква Светог Николе – 1533. обновио Радоје Храбрен. Црква минирана и уништена од стране Хрвата крајем 1996. или почетком 1997. године. Фреско-сликарство из прве половине XVI века уништено.

Хум (код Требиња)

Црква Рођења Пресвете Богородице из 1750. године. Према извештају од 26. маја 1993. године, црква знатно оштећена гранатама хрватске војске. Село такође страдало сталним гранатирањем хрватске војске.

Чаваш (Попово Поље)

Споменик. Према извештају од 26. маја 1993. године, споменик са крстом – подигнут 1954. године 101. православном Србину убијеном у том селу 11. августа 1941. године – срушен.

Чапљина

Црква Вазнесења Христовог – подигнута 1991. године. Једанаестог децембра 1993. године цркву обишао надлежни епископ др Атанасије, и у извештају од 16. децембра исте године рекао: „У Чапљини је наша црква Св. Вазнесења Христовог тешко оштећена: изнутра је спаљена, тако да је врх звоника срушен, а једна граната (из правца Љубушког ка Тасовчићима – са хрватске стране) погодила је звоник у висини крова цркве, који је опет сав испробијан мањим минобацачким гранатама, тако да је добар део црепа и летве на крову оштећен и црква прокишњава. Олтар цркве је спаљен, иконе су изгореле… а у самом храму и нарочито олтару све је испреметано и полупано, сем Светог престола који стоји, али на којем нема ничег осим голе плоче.“

Чваљина

Црква Светог великомученика Георгија из XIX века. У Другом светском рату (1941–1945) оштећена. У периоду 1991–1993. године, оштећена и демолирана. Село Чваљина спаљено и уништено.

Челебић

Црква Успења Пресвете Богородице из 1867. године; пресељена 1960. године због Јабланичког језера. Храм оскрнављен и опљачкан током 1993–1994. године, а део црквених драгоцености уништен. По извештају (ЕЦММ, ¤ 3/95, 20), ово учинили мештани. Према извештају надлежног епископа од 22. септембра 1996, црква стоји цела, али разваљених врата и унутра сва демолирана, осим Светог престола који још стоји, док је иконостас уништен и по иконама (новијег датума махом кашираним) пуцали су мецима и пробадали их ножевима. Звона поскидана али стоје горе у високом звонику. Гробље око цркве оскрнављено и делом рушено 1996. године.

Џеп (Парохија коњичка)

Црквица (капела) на српском гробљу срушена (1991–1995).

Шћеница (висораван Бобани)