Главна духовна средишта епархије су манастири Гомионица, Моштаница и Липље. Манастир Гомионицу са храмом посвећеним Ваведењу Пресвете Богородице обновили су 1595. године милешевски монаси, који су после турске најезде избегли у овај манастир.

Манастир Моштаница са црквом Светог архангела Михаила задужбина је српског краља Драгутина још у XIV веку. Више пута је страдао од Турака, а у XVII, опет због турског зулума, калуђери напуштају манастир и одлазе у Славонију, где обнављају манастир Лепавину. Пострижник и житељ овог манастира био је ђакон Авакум све до 1811. године, када га због турског насиља напушта и са моштаничким игуманом Генадијем одлази у Србију, где ће мученички пострадати. Манастир Липље такође је задужбина краља Драгутина, и био је значајан преписивачки центар у средњем веку. Један од првих помена овог манастира сачуван је у „Крушевском поменику“ из XV века.

У Другом светском рату (1941–1945) на територији Бањалучке епархије порушене су 64 цркве, а 21 је оштећена. Један манастир је такође порушен, а три су знатно оштећена. Укупно је срушено 38 парохијских домова, а 12 је оштећено. На просторима ове епархије у прошлом рату уништене су 94 црквене архиве, а једна је опљачкана. У Другом светском рату мученички је пострадао и епископ бањалучки Платон Јовановић. Овом српском архијереју усташке власти наредиле су 27. априла 1941. године да напусти епархију и оде за Србију. На ову наредбу владика Платон одговорио је 3. априла усташком стожернику Виктору Гутићу, и поред осталог рекао: „Ја сам канонски и законски од надлежних постављен за епископа бањалучког, и као такав обавезао сам се пред Богом, Црквом и народом да ћу водити бригу о својој духовној пастви, трајно и достојанствено, без обзира на ма какве прилике и догађаје, вежући нераздвојно свој живот са животом и судбином свог духовног стада.“ Већ наредног дана уследила је нова Гутићева наредба да митрополит Платон одмах напусти Бањлуку. Митрополит је умолио бањалучког бискупа Јосипа Гарића да посредује код надлежних власти и да му продужи боравак за још два дана. Бискуп је обећао и уверавао га да буде спокојан. Међутим, исте ноћи у три часа ујутро дошло је шест усташа под вођством усташког зликовца Ћелића. Одвели су митрополита у Главни стожер, где је већ био прота Душан Суботић. Потом су обојицу повели изван града и на шестом километру пута према Котор Вароши, у селу Врбањи, мучили, потом убили и бацили у реку Врбању. Пре уморства, обојици су тупим ножем обријали браде, извадили очи, одсекли нос и уши и на прсима наложили ватру. После 17 дана, 23. маја, пронађено је унакажено владичино тело у муљу на ушћу реке Врбање у Врбас. Митрополит Платон Јовановић сахрањен је маја 1941. године на војничком гробљу у Бањалуци.

На територији ове епархије минирана је у ноћи између 10. и 11. октобра 1992. године црква Успења Пресвете Богородице у Јајцу. Непосредно после хрватске агресије на Републику Српску Крајину, маја и августа 1995. године, односно после „Бљеска“ и „Олује“, спаљена је црква у месту Језеро. Иста судбина задесила је и парохијске домове у Мркоњић Граду и Језеру. Током ратних година (1991–1995) на подручју епархије уништене су две цркве и три су знатно оштећене, а два парохијска дома спаљена.

Црква Успења Пресвете Богородице – подигнута почетком XX века. У Другом светском рату оштећен иконостас; богослужбени предмети, црквене и матичне књиге уништени и опљачкани. Црква минирана у ноћи између 10. и 11. октобра 1992. године.

Црква Светих апостола Петра и Павла – оскрнављена.

Језеро

Црква Светог великомученика кнеза Лазара Српског – подигнута 1922. године. Црквено-уметнички предмети и звона опљачкани. Црква спаљена од Хрвата октобра 1995. године.

Парохијски стан са црквеном салом – подигнут 1975. године. Опљачкан, потом спаљен од Хрвата октобра 1995. године.

Мркоњић Град

Црква Рођења Пресвете Богородице – подигнута 1884. године. Оштећена (иконостас запаљен) и оскрнављена од Хрвата октобра 1995. године. Парохијски дом са два стана и црквеном салом – подигнут 1964. године. Опљачкан и спаљен од Хрвата октобра 1995. године.

Оборци